Der Kern des heutigen Antikenbestandes geht auf die Sammeltätigkeit der brandenburgischen Kurfürsten und der preußischen Könige seit dem späten 17. Jh. zurück. Dabei markiert die Ankunft der Antiken des römischen Archäologen Giovanni Pietro Bellori am 4. Mai 1698 den Ausgangspunkt eines stetig wachsenden Museums klassischer Altertümer. Neben ihrem wissenschaftlichen Wert dienten vor allem die antiken Skulpturen auch dem Schmuck fürstlicher Residenzen des Barock und der Repräsentation des Herrschers.
Die Sammlung wuchs durch Grabungskampagnen in Olympia, Pergamon, Samos, Milet, Priene und Didyma zu einer der bedeutendsten der Welt. Es gelangten Architekturfragmente, Skulpturen und Friese nach Berlin. In dem 1930 eröffneten Pergamonmuseum war es möglich, die wiedererstandenen Monumentalbauten – darunter den Pergamonaltar und das Markttor von Milet – zu präsentieren.
Die Teilung Deutschlands nach dem Zweiten Weltkrieg führte auch zur Teilung der Antikensammlung. Im Ostteil der Stadt wurde das Pergamonmuseum in den fünfziger Jahren wiedereröffnet. Im Westteil wurde die nach Westdeutschland ausgelagerte Kleinkunst von 1960-1995 im westlichen Stülerbau präsentiert, gegenüber dem Charlottenburger Schloß.
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